SimImmuno

Sommaire :

Introduction

Principe de fonctionnement

Acteurs généraux :

• Les cellules normales : ces cellules se déplacent de manière aléatoire, et se multiplient (mitose). La probabilité qu'il y ait une mitose pour une cellule normale au cours d'un cycle est de 1/400.
• Les cellules infectées : (par un antigène) se déplacent de manière aléatoire et peuvent aussi se multiplier par mitose dont la probabilité par cycle est de 1/500. Ces cellules disposent d'une spécificité matérialisée par un nombre entier de 0 à 4 qui est la spécificité de l'antigène ayant infectés. (A chaque valeur de spécificité correspondent les fragments peptidiques différents).
• Les antigènes : disposent d'une spécificité (nombre entier de 0 à 4) et se déplacent vers les cellules normales à proximité pour les infecter. Les cellules normales infectées par un antigène de spécificité de 0 à 4 deviennent des cellules infectées de même spécificité que l'antigène.
• L'antigène du VIH : cet antigène contamine uniquement les cellules de type phagocyte, LT4, et LT4m décrites plus loin. Sa spécificité est de 5 et la probabilité qu'il mute pour un cycle est de 1/2000. Lors de la mutation sa spécificité est de 6. L'infection d'un élément par le VIH donne une cellule infectée VIH.
• Les cellules infectées VIH : se déplacent de manière aléatoire et ont une spécificité de 5 ou 6 selon la nature du VIH (VIH ayant muté ou non). A chaque cycle elles produisent selon la probabilité de 1/200, de 1 à 3 nouveau(x) VIH. A chaque VIH produit la cellule perd '1000' de vie (la cellule hote est censé mourrir dû au nombreux bourgeonnements lors de la liberation d'un nouveau VIH).
• Les Phagocytes : ces cellules (qui regroupent des granulocytes, monocytes et macrophages pour simplifier), localisent (phénomène de chimiotactisme) et détruisent (phagocytose) les débris et complexes immuns (décrits plus loin).

Acteurs du maintien de l'intégrité du milieu extracellulaire :

• Les LB : ou lymphocytes B, disposent d'une spécificité de 0 à 5, et localisent les antigènes de même spécificité à proximité afin de se transformer (multiplication puis différenciation) en plasmocytes de même spécificité.
• Les LBm : même fonction que les LB, avec une durée de vie plus longue.
• Les plasmocytes : localisent les antigènes de même spécificité à proximité pour produire des anticorps de la même spécificité.
• Les anticorps : produits par les plasmocytes et disposant de la même spécificité que leurs producteurs, localisent les antigènes de même spécificité à leur proximité afin de les neutraliser en formant un complexe immun.
• Les complexes immun : formés de la rencontre d'un antigène et d'un ou plusieurs anticorps de même spécificité, se déplacent de manière aléatoire et n'effectuent aucune action. Ils seront éliminés par les phagocytes.

Acteurs du maintien de l'intégrité des cellules :

• Les LT8 : ou lymphocytes T8, localisent les cellules infectées de même spécificité (0 à 5), afin de se transformer en  LTc de même spécificité.
• Les LT8m : même fonction que les LT8 avec une durée de vie plus longue.
• Les LTc : produits par les LT8, localisent les cellules infectées de même spécificité pour les détruire (lyse) par l'action de perforine et produisant des débris.
• Les débris : formés suite à la lyse d'une ou plusieurs cellules infectées par les LTc, se déplacent de manière aléatoire et n'ont aucune fonction. Ils seront éliminés par les phagocytes.

Acteurs pivots des réactions immunitaires :

• Les LT4 : localisent les cellules infectées (par un antigène ou le VIH) de même spécificité pour produire un messager chimique : l'interleukine (IL). Ce messager chimique active les LB, LT8 et LT4 pour stimuler les défenses immunitaires. Dans le cadre de SimImmuno, cette stimulation par l' IL se matérialise par un agrandissement du périmètre de recherches des LT4, LT8 et LB pour la localisation des antigènes et des cellules infectées.
• Les LT4m : même fonction que le LT4 avec une durée de vie plus longue.

    Il faut aussi ajouter qu'à chaque cycle, la simulation produit un LT4, LT8 ou LB d'une spécificité aléatoire de 0 à 5 suivant la probabilité de 1/500 reproduisant le rôle de la moelle osseuse et du thymus.

Tableau récapitulatif :

Icone	Nom	Vie	Spécificité	Action
	Cellule normale	Courte	Aucune	Déplacement aléatoire. Mitose de 1/400
	Cellule infectée	Courte	De 0 à 4 selon l'Ag qui les a contaminés	Déplacement aléatoire. Mitose de 1/500
	Antigène	Courte	De 0 à 4	Déplacement aléatoire. Infecte les cellules normales formant des cellules infectées de même de spécificité que l'Antigène.
	VIH	Courte	De 5 ou 6 si le VIH à muté	Déplacement vers les LT4, LT4m et phagocyte à proximité. Les infectent pour former des cellules infectées VIH. Mute selon la probabilité de 1/2000
	Cellule infectée par le VIH	Courte	De 5 ou 6 en fonction du VIH qui les a contaminé	Déplacement aléatoire. Produit des VIH selon la probabilité de 1/500. A chaque VIH produit, la cellule perd '1000' de vie.
	Phagocyte	Long	Aucune	Déplacement vers les CI et débris dans un grand périmètre et effectue la phagocytose (destruction).
	Lymphocyte B	Moyenne	De 0 à 5	Déplacement vers les antigènes de même spécificité dans un périmètre moyen et produit les plasmocytes de même spécificité. L'IL agrandi leur périmètre d'action.
	LB Mémoire	Longue	De 0 à 5	Idem avec une durée de vie plus longue
	Plasmocyte	Courte	De 0 à 5 en fonction du LB qui les a produit	Déplacement vers les antigènes de même spécificité dans un périmètre moyen et produit les anticorps de même spécificité.
	Anticorps	Courte	De 0 à 5 en fonction du Plasmocyte qui les a produit	Déplacement vers les antigènes de même spécificité dans un périmètre petit et forme un complexe immun avec l'antigène.
	Complexe immun	Courte	Aucune	Déplacement aléatoire. Éliminé par les phagocytes.
	Lymphocyte T8	Moyenne	De 0 à 5	Déplacement vers les cellules infectées et cellules infectées VIH de même spécificité dans un périmètre moyen et produit les LTc de même spécificité. L'IL agrandi leur périmètre d'action.
	LT8 Mémoire	Longue	De 0 à 5	Idem avec une durée de vie plus longue
	LTc (cytotoxique)	Courte	De 0 à 5 en fonction du LT8 qui les a produit	Déplacement vers les cellules infectées et cellules infectées VIH de même spécificité dans un périmètre moyen et produit la perforine pour réaliser la lyse (destruction) de la cellule. Après lyse de la cellule il y a formation de débris.
	Débris	Courte	Aucune	Déplacement aléatoire. Éliminé par les phagocytes.
	Lymphocyte T4	Moyenne	De 0 à 5	Déplacement vers les antigènes de même spécificité dans un périmètre grand et produit l'interleukine (IL) agissant sur les LT8 et LB pour agrandi leur champs d'action.
	LT4 Mémoire	Longue	De 0 à 5	Idem avec une durée de vie plus longue
Pas d'icone	Moelle osseuse	Infinie	Aucune	Selon la probabilité de 1/2000, produit aléatoirement un LB de spécificité de 0 à 5.
Pas d'icone	Thymus	Infinie	Aucune	Idem mais produit des LT4 ou LT8.

Utilisation de SimImmuno (version 1.1 build 2004)

• une fenêtre principale

    La fenêtre principale contient les menus suivants :
            Fichier
                        Nouvelle simulation : Vide le simulateur !
                        Charger : Charge une simulation (fichier .SIM)
                        Enregistrer : Enregistre la simulation actuelle au format .SIM
                        Capture d'écran : Capture l'écran de la simulation au format .JPG
                        Quitter : Ferme le programme
            Simulation
                        Démarrer/Pause : Démarre ou arrête la simulation. (possibilité d'utiliser la touche ESPACE pour réaliser cette même fonction).
                        Acteur de la simulation : Ouvre la fenêtre des "Acteurs de la simulation" (voir plus bas).
                        Moteur graphique : Permet d'arreter le rendu graphique tout en laissant la simulation se dérouler. (possibilité d'utiliser la touche F4 pour cette fonction)
                        Modèles : Charge des modèles de simulation déjà intégrés dans le programme.
                        Options : Ouvre la fenêtre des Options
            Affichage
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            Projet SimImmuno
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• une fenêtre de contrôle

    Cette fenêtre affiche la légende des différents éléments ainsi que leur nombre. Les boites à cocher servent à masquer à l'écran la population sélectionnée (mais ces éléments restent actifs dans la simulation).

• une fenêtre d'événements

    Cette fenêtre permet d'afficher les différents événements lors d'une simulation.

Ma 1er simulation
    Utilisez les modèles pour débuter sous SimImmuno.

Simulation plus complexe
    Utilisez la fenêtre "Acteurs de la simulation" pour définir votre propre simulation.

    Cette fenêtre dresse la liste des éléments de la simulation actuelle. Vous pouvez ajouter des acteurs (éléments) avec le bouton "Ajouter un acteur" ou remplir le simulateur aléatoirement grâce au bouton "Remplissage aléatoire". Vous pourrez ainsi créer votre propre simulation en y définissant les différents acteurs, leur durée de vie, leur spécificité, et leurs positions.

Informations complémentaires

Dernière modification : 28/06/2005 - 14:30